La CBLT constitue le principal cadre institutionnel pour une action concertée des pays riverains du lac Tchad, face à la montée de nouvelles menaces sécuritaires transfrontalières. L’activisme du groupe islamiste nigérian Boko Haram, dans l’État du Borno et dans les zones contiguës des États voisins du Nigeria, apparait comme l’une de ces menaces sécuritaires montantes, si elle venait à s’articuler aux autres formes d’insécurité déjà présentes dans la sous-région.  À savoir, les trafics d’armes, les vols à main armée, la contrebande de pétrole, le vol de bétail, etc. La situation qui prévaut dans l’État nigérian de Borno est en grande partie le fruit des inégalités sociales criantes, et la conséquence d’un désinvestissement de l’État, dans cette région excentrée du pays, pourvue pourtant d’importantes ressources arables et hydriques. Cette caractéristique structurelle, commune aux pays de la région et opposant un centre à une périphérie en déshérence, est facteur déterminant de vulnérabilité.